生物工程的發(fā)展歷史可以簡單的分為三個時期：傳統(tǒng)生物技術(shù)時期;②近代生物工程的形成和發(fā)展時期;③現(xiàn)代生物工程時期。

在遠(yuǎn)古時期，人們在生活實(shí)踐中，就已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了某些生物的特殊作用，并利用這些有益生物生產(chǎn)出人類需要的產(chǎn)品，但對于各種生物的作用原理與其形態(tài)特征并未了解清楚，僅僅是憑借生活實(shí)踐的經(jīng)驗(yàn)對這類生物加以利用。早在公元前，人類就已經(jīng)學(xué)會了利用微生物生產(chǎn)啤酒，面包，酸奶等食品，已經(jīng)掌握了發(fā)酵技術(shù)。這便是傳統(tǒng)生物技術(shù)時期，此時生物工程還不能成為一種學(xué)科。

由于人類對這種微生物形態(tài)及具體作用還未了解，因此很多科學(xué)家試圖觀察發(fā)現(xiàn)這類生物，其中有荷蘭人詹生，英國人胡克等，但都因?yàn)榉N種原因失敗了。1676年，荷蘭人列文虎克用自磨的鏡片制作顯微鏡，觀察和描繪了桿菌、球菌、螺旋菌等微生物的圖像。這一發(fā)現(xiàn)對生物工程發(fā)展有巨大的推動作用，并為近代生物技術(shù)時期的降臨做出了重大貢獻(xiàn)。1926 年美國的生化學(xué)家薩姆納證實(shí)了從刀豆中獲得的結(jié)晶JR 酶是一種蛋白質(zhì)，其后又分別與人合作在 1930 年和1937 年獲得了胃蛋白酶和過氧化氫酶等晶體，說明酶是一類蛋白質(zhì)。

1937 年馬摩里和維賽龍?zhí)岢隽宋⑸镛D(zhuǎn)化的方法。這一時期所生產(chǎn)的發(fā)酵產(chǎn)物都屬微生物形成的初級代謝產(chǎn)物，這是指微生物處于對數(shù)生長期所形成的產(chǎn)物，主要是與細(xì)胞生長有關(guān)的產(chǎn)物，如氨基酸、核酸、蛋白質(zhì)，碳水化合物以及與能量代謝有關(guān)的副產(chǎn)物，諸如乙醇、丙酮、丁醇等。

1941 年因第二次世界大戰(zhàn)的爆發(fā)，前線和后方的不少傷員都希望能有一種比當(dāng)時磺胺類藥物更為有效和安全的治療外傷炎癥及其繼發(fā)性傳染病的藥物。英國當(dāng)局讓病理學(xué)家弗洛里和生化學(xué)家錢恩參加到弗萊明的研究隊(duì)伍中，以加速對青霉素的研制開發(fā)。除了青霉素以外，其后發(fā)現(xiàn)和使用有各種抗生素、氮叢酸、核背酸、維生索、多糖、多元醇、有機(jī)酸、酶制劑等。與此同時，一個新的交叉學(xué)科—生物化學(xué)工程也就誕生了。這便是近代生物工程的形成和發(fā)展時期。

多少年以來，關(guān)于生命的起源問題存在著以下一些解釋。創(chuàng)世說。19 世紀(jì)初期之前，人們從宗教和迷信的角度對人類的起源做了各種回答。例如，基督教認(rèn)為是亞當(dāng)和夏娃創(chuàng)造了人類，即上帝創(chuàng)造了世間一切和人類進(jìn)化論。1859 年，英國生物學(xué)家達(dá)爾文發(fā)表了“物種起源”，確立了進(jìn)化論的觀點(diǎn)，極大推動了人類思想的發(fā)展。最早觀測到活細(xì)胞的是 17 世紀(jì)的荷蘭人列文虎克，與其同時代的英國人 Hooke 第一次用“細(xì)胞”這個詞來形容他所觀察到的軟木的基本單元。

19 世紀(jì)中葉，“細(xì)胞”的概念被科學(xué)界接受，成為19 世紀(jì)三大發(fā)現(xiàn)之一。1865 年，經(jīng)典遺傳學(xué)創(chuàng)始人奧地利人孟德爾發(fā)表了《植物雜交試驗(yàn)》一文，提出了遺傳因子的統(tǒng)一律和獨(dú)立分配率。孟德爾指出，生物的每一種性狀都是由遺傳因子控制的。這些遺傳因子可以從親代到子代，代代相傳。在體細(xì)胞內(nèi)，遺傳因子是成對存在的，其中一個來自父本，一個來自母本，在形成配體時，遺傳因子彼此分開，單獨(dú)存在。他還認(rèn)為，有些遺傳因子是以顯性形式存在的，而有些遺傳因子是以隱性形式存在的。現(xiàn)代生物工程是以 20 世紀(jì)70 年代DNA 重組技術(shù)的建立為標(biāo)志的?，F(xiàn)代生物工程時期 是以分子生物學(xué)的理論為先導(dǎo)，從基因工程的技術(shù)能作為生物工程新產(chǎn)品的一種開發(fā)手段或 關(guān)鍵技術(shù)后算起的。

近代科技史實(shí)表明，每一次重大的科學(xué)發(fā)現(xiàn)和技術(shù)創(chuàng)新，都使人們對客觀世界的認(rèn)識產(chǎn)生一次飛躍;每一次技術(shù)革命浪潮的興起，都使人們改造自然的能力和推動社會發(fā)展的力貢提高到一個新的水平。